Fat32 ja NTFS
Toisaalta NTFS-tiedostojärjestelmä syntyi OS / 2: n käyttämästä HPFS-tiedostojärjestelmästä, IBM: n ja Microsoftin yhteistyöstä. Kun sopimus ei työnnyt läpi, HPFS: n ominaisuudet näkyivät NTFS: ssä, kun se ilmeni Windows NT -alustalle. Se on sittemmin kehitetty ja ilmestyy uusimmassa Windows-versiossa, kuten XP, Vista ja pian julkaistava Windows 7. Microsoft pitää patenttia NTFS: lle eikä siten paljasta mitään tietoja tiedostojärjestelmästä, joka tekee vain NTFS-asemista joka on luettavissa Windows-järjestelmille jo pitkään, mutta joissakin linux-toteutuksissa on jo valmiina pääsy NTFS-asemiin mutta ilman näkyviä ominaisuuksia.
Fat32 on hyvin yksinkertainen ja nukkaantunut järjestelmä, joka on myös hyvin dokumentoitu. Se ei todellakaan tarkoita mitään muuta kuin seurata, mistä tiedostot sijaitsevat. Siksi siitä on tullut valittu tiedostojärjestelmä useimmille kannettaville tallennusvälineille, kuten flash-asemat, mp3-soittimet ja muistikortit.
NTFS-tiedostojärjestelmä on päinvastoin, ja tarjoaa useita parannuksia, jotka eivät ainoastaan paranna suorituskykyä vaan myös sen turvallisuutta. Yksi niistä on läpinäkyvä tiedostonpakkaus, joka automaattisesti pakkaa tiedoston, kun se kirjoitetaan levylle. Tämä voi mahdollisesti vapauttaa jonkin levytilan, mutta tiedostojen lataaminen saattaa kestää jonkin aikaa. Toinen on levykiintiöitä, joissa järjestelmänvalvoja voi määrittää, kuinka paljon levyä tietyn käyttäjän voi käyttää.
NTFS- ja FAT32-tiedostojärjestelmien valinta on suhteellisen helppo tehtävä. Yksinkertaisesti sanottuna, NTFS on parempi vaihtoehto, kun haluat käyttää sitä Windows-tietokonejärjestelmässä. Ei pelkästään nopeuden parantamisen vuoksi, vaan myös sen monien ominaisuuksien ansiosta. Ei ole kuitenkaan suositeltavaa kannettavalle medialle, koska useimmilla laitteilla ja muilla käyttöjärjestelmillä on vaikeuksia tai ne eivät suoraan pysty käyttämään NTFS-asemia.
